fr.ifremer.isisfish.simulator

Class PopulationMonitor

java.lang.Object

fr.ifremer.isisfish.simulator.PopulationMonitor

public class PopulationMonitor
extends Object

Classe permettant le suivi des populations de la simulation.

Cette classe est normalement multi-thread safe

FIXME: certain calcul sont les memes que ceux implanter dans les scripts a cause du groupe des juveniles qui n'est pas un vrai groupe de population. Il serait bon que ce groupe deviennent un vrai groupe et que ce code specifique puisse etre supprimer.

Version:

$Revision$ Last update: $Date$ by : $Author$

Author:

poussin

Field Summary

Fields

Modifier and Type	Field and Description
protected Map<Population,org.nuiton.math.matrix.MatrixND>	catchs catch per population, only last catch is remaining
protected Map<Population,Map.Entry<TimeStep,org.nuiton.math.matrix.MatrixND>>	discards discard key: <date, pop> value:<MatrixND>
protected Map<Population,org.nuiton.math.matrix.MatrixND>	holdCatchs catch per population, only last catch is remaining
protected Map<Population,org.nuiton.math.matrix.MatrixND>	Ns current number of fish by Pop
protected List<Population>	pops La liste des pops monitorer par cette instance
protected Map<Population,Map<TimeStep,ReproductionData>>	reproductions reproduction key: <date, pop> value:<MatrixND>
protected double	totalHoldCatch

Constructor Summary

Constructors

Constructor and Description
PopulationMonitor()

Method Summary

Modifier and Type	Method and Description
void	addDiscard(TimeStep step, Population pop, org.nuiton.math.matrix.MatrixND discard) Only work for current step simulation
void	applyReproductionMortality(Population pop) Applique de la mortalite naturelle aux poissons qui sont pas encore dans les classes de populations.
void	checkStep(TimeStep step, String msg)
void	clearCatch() RAZ capture cumulée de toutes les pops.
double	getBiomass(Population pop) Return current biomass for population.
double	getBiomass(Species species) Return current biomass for species.
org.nuiton.math.matrix.MatrixND	getCatch(Population pop) Get population catch.
org.nuiton.math.matrix.MatrixND	getDiscard(TimeStep step, Population pop) Get discard.
org.nuiton.math.matrix.MatrixND	getHoldCatch(Population pop) Get population hold catch.
org.nuiton.math.matrix.MatrixND	getN(Population pop) Return current numbers for population.
List<Population>	getPopulations() Return all population actualy in PopulationMonitor
org.nuiton.math.matrix.MatrixND	getRecruitment(TimeStep step, Population pop) TODO les reproductions qui sont trop veille pour encore servir doivent être supprimées. c-a-d date < currentDate - etalement - gap between repro recru Une autre facon de faire est de supprimer les repro == 0 car normalement toute la repro doit etre utilisé au bout d'un certain temps
org.nuiton.math.matrix.MatrixND	getReproduction(TimeStep step, Population pop) Return reproduction.
ReproductionData	getReproductionData(TimeStep step, Population pop) Return reproduction data.
double	getTotalHoldCatch(Population pop) Population total hold catch.
void	holdCatch(Population pop, org.nuiton.math.matrix.MatrixND catchPerStrategyMet)
void	init(List<Population> pops) Initialise le monitor pour l'ensemble de pop passe en parametre.
void	setDiscard(TimeStep step, Population pop, org.nuiton.math.matrix.MatrixND discard) Set discard.
void	setN(Population pop, org.nuiton.math.matrix.MatrixND mat)
void	setReproduction(TimeStep step, Population pop, org.nuiton.math.matrix.MatrixND aN, org.nuiton.math.matrix.MatrixND aBiomass, org.nuiton.math.matrix.MatrixND repro) Set new reproduction.

Methods inherited from class java.lang.Object

clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

Field Detail

pops

protected List<Population> pops

La liste des pops monitorer par cette instance

Ns

protected Map<Population,org.nuiton.math.matrix.MatrixND> Ns

current number of fish by Pop

reproductions

protected Map<Population,Map<TimeStep,ReproductionData>> reproductions

reproduction key: <date, pop> value:<MatrixND>

discards

protected Map<Population,Map.Entry<TimeStep,org.nuiton.math.matrix.MatrixND>> discards

discard key: <date, pop> value:<MatrixND>

catchs

protected Map<Population,org.nuiton.math.matrix.MatrixND> catchs

catch per population, only last catch is remaining

holdCatchs

protected Map<Population,org.nuiton.math.matrix.MatrixND> holdCatchs

catch per population, only last catch is remaining

totalHoldCatch

protected double totalHoldCatch

Constructor Detail

PopulationMonitor

public PopulationMonitor()

Method Detail

init

public void init(List<Population> pops)

Initialise le monitor pour l'ensemble de pop passe en parametre. Normalement cet init est fait dans le thread principale de la simulation et il n'y a pas de besoin de le synchroniser. Cet init permet d'avoir ensuite le maxime de variable en lecture, et donc de permettre le multithreading de facon legere (pas de synchronise) et sur (pas de concurent modification exception)

Parameters:

pops -

getPopulations

public List<Population> getPopulations()

Return all population actualy in PopulationMonitor

Returns:

new list of Population

getBiomass

public double getBiomass(Species species)

Return current biomass for species.

Parameters:

species - species

Returns:

species biomass

getBiomass

public double getBiomass(Population pop)

Return current biomass for population.

Parameters:

pop - population

Returns:

population biomass

getN

public org.nuiton.math.matrix.MatrixND getN(Population pop)

Return current numbers for population.

Parameters:

pop - population

Returns:

population numbers

setN

public void setN(Population pop,
                 org.nuiton.math.matrix.MatrixND mat)

getReproduction

public org.nuiton.math.matrix.MatrixND getReproduction(TimeStep step,
                                                       Population pop)

Return reproduction.

Parameters:

step - step

pop - population

Returns:

the reproduction

getReproductionData

public ReproductionData getReproductionData(TimeStep step,
                                            Population pop)

Return reproduction data.

Parameters:

step - step

pop - population

Returns:

the reproductionData

setReproduction

public void setReproduction(TimeStep step,
                            Population pop,
                            org.nuiton.math.matrix.MatrixND aN,
                            org.nuiton.math.matrix.MatrixND aBiomass,
                            org.nuiton.math.matrix.MatrixND repro)

Set new reproduction.

Parameters:

step - step

pop - population

aN - aboundance

aBiomass - biomass

repro - reproduction to set

applyReproductionMortality

public void applyReproductionMortality(Population pop)

Applique de la mortalite naturelle aux poissons qui sont pas encore dans les classes de populations. (Reproduction)

Parameters:

pop -

getRecruitment

public org.nuiton.math.matrix.MatrixND getRecruitment(TimeStep step,
                                                      Population pop)

TODO les reproductions qui sont trop veille pour encore servir doivent être supprimées. c-a-d date < currentDate - etalement - gap between repro recru Une autre facon de faire est de supprimer les repro == 0 car normalement toute la repro doit etre utilisé au bout d'un certain temps

Parameters:

step - step

pop - population

Returns:

population recruitment

holdCatch

public void holdCatch(Population pop,
                      org.nuiton.math.matrix.MatrixND catchPerStrategyMet)

Parameters:

pop - population

catchPerStrategyMet -

getCatch

public org.nuiton.math.matrix.MatrixND getCatch(Population pop)

Get population catch.

Parameters:

pop - population

Returns:

population catch

getHoldCatch

public org.nuiton.math.matrix.MatrixND getHoldCatch(Population pop)

Get population hold catch.

Parameters:

pop - population

Returns:

population hold catch

getTotalHoldCatch

public double getTotalHoldCatch(Population pop)

Population total hold catch.

Parameters:

pop - population

Returns:

population total hold catch

clearCatch

public void clearCatch()

RAZ capture cumulée de toutes les pops.

getDiscard

public org.nuiton.math.matrix.MatrixND getDiscard(TimeStep step,
                                                  Population pop)

Get discard.

Parameters:

step - step to get discard

pop - population to get discard

Returns:

le discard

setDiscard

public void setDiscard(TimeStep step,
                       Population pop,
                       org.nuiton.math.matrix.MatrixND discard)

Set discard. Only work for current step simulation Force discard at date for population.

Parameters:

step - step to set discard

pop - population to set discard

discard - le discard

addDiscard

public void addDiscard(TimeStep step,
                       Population pop,
                       org.nuiton.math.matrix.MatrixND discard)

Only work for current step simulation

Parameters:

step -

pop -

discard -

checkStep

public void checkStep(TimeStep step,
                      String msg)