All Classes and Interfaces
Class
Description
About windows.
Abstract class to extends to skip necessary result definition.
Class abstraite d'une regles comprenant le code commun à toutes les regles.
Abstract VCS implementation.
Abstract xml visitor containing xml string buffer.
AdvancedParams UI handler.
Deprecated.
Deprecated.
since 4.0.0.0, use
SimulationPlanContext insteadDeprecated.
since 4.0.0.0,
Annotation pour specifier le nom des arguments car il est impossible
de les avoir par introspection.
Deprecated.
since 4.5, not used anymore
Handler for new fishery region resolution dialog.
Cette classe est un copié/coller de
WeavingURLClassLoader qui permet de définit
notre propre instance de adaptor pour, dans le cas d'IsisFish, permettre d'ajouter des aspects à l'execution.Cette classe étend
WeavingAdaptor pour avoir une instance personnalisée du champ WeavingAdaptor.weaver.Quelques methodes pour manipuler les bits d'un long.
CacheAspect aspect.
Cell handler.
Implantation des operations pour l'entité Cell.
Permet de comparer la position d'une Maille avec un objet Point2D, ou deux
Mailles, ou deux Points.
Ce layer permet de dessinner un cadrillage avec une latitude/longitude max et min,
ainsi qu'un pas de maille.
Cell tree path node loader.
Cette classe est utilisé pour conservé un etat de changement
dans une UI, dans les cas ou les beans changent sur les validateurs et
que l'etat change du validateur est reset.
Handler fro preview spatial change UI.
CheckRegion.java
Created: 9 janv.
Classe permettant de créer le résultat d'une vérification de la bonne saisie des objets.
CheckResultFrame.
CheckResultTableModel.
CheckResultTableRenderer.java
Created: 10 janv.
Classes abstraite permettant la gestion des fichiers de code source.
Location enum to look for script in official repository or
community directory.
Classe utilise pour convertir une collection.
Common action for all handler.
Handler utilisé pour surcharger le logging par defaut dans STD_ERR.
Compile helper used to compile Java code.
Renderer to display component in table.
Mark a method that compute a result (matrix).
Permet de tracer les appels aux methodes utilisateur ainsi que l'execution
a ces methodes.
Extends default trace to render output using result name instead of method name.
Handler for Configuration UI.
Panel dynamique qui se construit suivant la distribution sélectionnée.
All the continuous domains are based on distribution definition.
XML continuous domain visitor.
Common code for all continuous panels:
EquationContinuousPanelUI
ContinuousDistributionPanel
Sometimes, some changes inside panel need a resize in parent window.
ConverterUtil.
Coordinate extends Float point to add serialisation implementation.
Listener for openmap map bean to display popop menu on right click.
Main cron service job.
Migration callback by class for all isis database migration.
DataMap.
DataMapInfo.
DataMapList.java
Created: Mon Apr 22 16:27:28 2002
Class abstraite dont herite tous les storages qui on besoin d'un TopiaContext
RegionStorage et
SimulationStorage
Created: 21 janv.DefaultDataMap.java
A default DataMap implementation.
DefaultScale.java
Created: Mon Apr 22 16:52:17 2002
Class utilitaire chargées d'inspecter le bytecode de certaines classe des scripts utilisateur
d'IsisFish pour en extraire des informations.
Design plan contenant toutes les valeurs de facteurs possible.
DesignPlan visitor.
XML design plan visitor.
Un domain discret a un ensemble de valeur.
XML discrete domain visitor.
Distribution used in sensitivity analysis (for continuous domain).
Renderer qui affiche la description de la distribution.
Used by user to add informations about a code he wrote.
Deprecated.
since 4.5.0.0, for removal
Domaine du facteur.
Domain visitor.
XML domain visitor.
Parse xml using dom.
set of vessels handler.
EffortDescriptionImpl.
Renderer pour liste des
EffortDescription.set of vessels handler.
Emigration equation.
Convertie une entite, month, timestep en string et inversement.
Handler for generic variable ui.
Just a delegator class to not use external API in Isis.
Factor domain for
Equations.XML equation discrete domain visitor.
Equation editor handler.
EquationImpl.
Equation table cell editor.
Error helper.
Permet d'evaluer les equations ecritent en Java
Created: 3 juil.
Monitor that can kill all started and not yet exited sub process.
Interface que doivent implanter les classes d'export de resultats pour les
export qui ne peuvent pas etre fait pas de temps par pas de temps
Le nom du fichier d'export qui sera utilisé sera le basé sur le nom de la
classe d'export
Created: 22 janv.
Export actions.
In case of manual export, on result UI, there is not opened transaction for export to run properly.
Export UI handler.
Helper for exports manipulation.
Interface que doivent implanter les classes d'export de resultats.
Renderer pour la combo des noms d'export.
Interface que doivent implanter les classes d'export de resultats qui veulent
exporter au fur et a mesure de la simulation.
Gestion des fichers VCS de type
ExportInfo
(appartenant au module exports).Observation editor.
ExportInfo renderer for table.
Facteur de variation des parametres de simulation.
Model de la table de definition des cadinalité de facteurs.
Action listener that call factor callback when action is complete.
Factor group.
Factor group visitor.
XML factor group visitor.
Useful method for factor
- create prescript with factor list
Model pour la liste des
Factor.Renderer for equation factor variables list.
Represent transfered data.
Transfer handler used to transfer tasks in table.
Factor tree.
Factor tree cell renderer.
Cette classe gere l'affichage d'une liste de facteurs dans l'arbre.
Factor visitor.
Handler for all class in wizard packages.
XML factor visitor.
File selection table model displayed in import/export script
for files selection (first column is checkbox).
A filterable combobox using an additional text field and reset button.
Fishery region data provider.
FisheryRegion handler.
FisheryRegionImpl.
Fishery region tree helpers.
Do nothing, just to type strange template.
FisheryTreeNodeLoador<T extends org.nuiton.topia.persistence.TopiaEntity>
Common class to all loador.
Renderer pour les noeud
FisheryTreeNode de l'arbre.Surcharge du model de selection de l'arbre de pecherie pour
intersepter les changements de noeud dans le cas où l'utilisateur
n'aurais pas sauvé une UI et eviter de boucler dans le cas d'une
annulation.
Dans le cas où une classe a été modifiée et potentiellement déjà chargée, on utilise ce classloader pour forcer
le rechargement de la classe.
Formule.
Renderer pour la combo des
Formule.Formule storage.
It's seams that it's not possible to use mutiple ftp connection to the same server.
Gear handler.
Implantation des operations pour l'entité Gear.
Table model for
Gear#Selectivity.Gear tree path node loader.
Gear tab handler.
Model pour pour la representation d'une liste de type generic.
Model pour pour la representation d'une liste de generic type.
Utility class related to geotools library.
Useful class to stock some double value for simulation, and export all
value in CSV format
Immigration equation.
Import actions.
Fait une simulation dans la meme jvm.
InputContentHandler<T extends InputContentUI<? extends org.nuiton.topia.persistence.TopiaEntityContextable>>
Common handler for all input ui.
InputContentUI<B extends org.nuiton.topia.persistence.TopiaEntityContextable>
Ce contexte regroupe les élements qui servent à une hierachie d'interfaces Input.
Main handler for fishery edition action.
Equation handler.
InputSaveVerifier.
Listener used to control InputUI tab panel switching.
Classe permettant de d'ecrire un interval.
IntervalGraphic.
La vue en label.
Widget permettant d'editer graphiquement un interval.
Exception throws for password input cancellation.
IsisCacheOnReferenceMap utilise pour mettre les resultats de methode durant
la simulation pour minimiser les appels
Cache qui reserve de la place pour l'equivalent de N pas de temps dans le cache.
IsisCacheBackendOnReferenceMap utilise pour mettre les resultats de methode durant la simulation
pour minimiser les appels
Created: 25 août 06 22:42:47
Isis fish configuration.
Isis util class related to file.
Deprecated.
This is the main class of
IsisFish application.Isis non runtime exception.
Isis runtime exception.
Isis H2 concrete Config implementation.
IsisMapBean.
Implementation du mapper de semantique pour Isis pour que l'import/export
des matrices en N dimensions de nuiton matrix fonctionne.
Start daemon that monitor quit value, if value is true, quit isis.
Extends rsyntaxtextarea contantx to add isis specific.
Isis tray icon implementation.
IsisFish util class for domain related method.
Helper for javadoc.
Classes abstraite permettant la gestion des fichiers de code source.
It's based on PriorityBlockingQueue code,
because PriorityBlockingQueue use private field for ReentrantLock :(
Equation languages supported by IsisFish.
TODO add comment here.
LegendModel.
LegendPanel.
Token marker for Isis Log files.
Listener to listen for change in data related to map.
Classe utilisées pour convertir des matrices en string et vice-versa.
Classe permettant de convertir une matrice en String et inversement en
prenant en compte la conversion des semantiques via l'utilisation
d'un decorator (
EntitySemanticsDecorator).Helper form database operation related to matrix.
Result matrix viewer map renderer.
Simulation summary renderer.
MatrixType.java
Created: 23 janv.
Metier handler.
Implantation des operations pour l'entité Metier.
Renderer pour liste des metiers.
ATTENTION: l'implantation de cette classe n'est peut-etre pas correct.
Renderer pour la combo des
MetierSeasonInfo.MetierSeasonInfoImpl.
Metier tab handler.
Table model for
MetierSeasonInfo#TargetSpecies.Metier tab handler.
Metier tree path node loader.
Metier tab handler.
Mexico helper class.
Migration equation.
Migration between version 0 and 3.2.
Migration between version 3.2 and 3.3.
Migration between version 3.3 and 4.0.
Migration between version 4.0 and 4.1.
Migration between version 4.1 and 4.2.1.
Migration between version 4.1 and 4.2.1.
Migration between version 4.3 and 4.4.
Month.
Month combo box model.
Subclass JComboBox to get a typed ComboBox.
Classe utilise pour convertir une chaine en un objet Month.
MonthType.java
Created: 19 janv.
A Motif that represents how to draw a DataMap on the map.
Handler for tree navigation related interfaces.
Annotation pour specifier à l'aspect du cache que l'on ne souhaite ne pas
mettre en cache l'appel d'une méthode ou des méthodes d'une classe.
Deprecated.
since 4.5.0.0, for removal
This Appender allows the logging event to be manipulated before it is processed by other Appenders.
Interface des fonctions d'objectifs.
Renderer pour la combo des script d'optimisation.
Class permettant de gérer les fonctions d'objectif des optimisations.
Renderer pour la combo des observations.
Observation handler.
Observation tree path node loader.
OpenMapEvents.java
Created: 5 septembre 2005 03:21:41 CEST
Script d'optimisation.
Renderer pour la combo des script d'optimisation.
Context utilisé pour gérer les différentes simulation lancées par un script d'optimisation.
Permet de generer l'enchainement des simulations d'optimisation.
Class permettant de gérer les fonctions d'objectif des optimisations.
Options.
Other actions.
Card layout avec des composants de tailles différentes.
Un editeur generic de champs qui se base sur le model de données
a editer.
Params UI handler.
Password manager store password encoded as base64 using following structure:
id1:b64(pwd1);id2:b64(pwd2);
Plan UI handler.
Population handler.
Population capturability equation.
Population handler.
Population handler.
Equation de mortalité par pêche Other.
Population handler.
PopulationGroupImpl.
Population's growth equation.
Population's growth reverse equation.
Population handler.
PopulationImpl.
Population's maturity ogive equation.
Population mean weight equation.
Population handler.
Population handler.
Population handler.
Population handler.
Population handler.
Classe permettant le suivi des populations de la simulation.
Population natural death rate.java
Created: 23 août 2006 11:13:57
Population price.
Population handler.
Population recruitment equation.
Population handler.
Population reproduction equation.
Population's reproduction rate equation.
Renderer pour la combo des
PopulationSeasonInfo.PopulationSeasonInfoImpl.java
Created: 18 mars 2006 15:24:56
Population handler.
Population handler.
SetOfVessels tree path node loader.
Population stock handler.
Population handler.
Port handler.
Implantation des operations pour l'entité Port.
Port tree path node loader.
Prescript UI handler.
Progress monitor (sftp).
Common action for all queue ui.
RangeOfValues.java
Created: 7 mars 2006 17:16:20
Classe utilise pour convertir une chaine en un objet RangeOfValues.
RangeOfValues handler.
RangeOfValuesType.java
Created: 19 janv.
Handler for R Configuration UI.
Data used to compute recruitement equation.
Map instance to use a simplier object in model.
Listener topia qui ecrit un fichier de log avec toutes les modifications de la base de données
dans un fichier changes.csv dans le répertoire de la région.
Parcourt en largeur du model et délegation à un autre visiteur.
Region explorer.
Region export interface.
Export implementation for factor into xml.
Classe permettant d'exporter en Json une region
Format du JSON:
{
"#info": {
"formatVersion": int
"isisVersion": String
"region": boolean if true contains one region, if false contains one Entity
"root": toString representation of root entity
"rootId": id of root entity
},
"#entities": {
" <id>": {<entity field>},
...
Classe permettant d'importer des données dans une region a partir d'un
export Json.
Use during import to merge imported data in existing Region
Object used to keep recurent answer (abort, import All, reuse All, ...)
Classe permettant de recuperer les
TopiaContext des regions.This cron task is used to remove old isis files.
Common format utils methods mostly used in renderers.
Aboundance, biomass and reproduction used during population migration.
Inspired by https://github.com/rapidminer/rapidminer-studio/blob/master/src/main/java/com/rapidminer/gui/tools/SystemMonitor.java
ResultatLayer.java
Created: Mon Apr 15 15:14:40 2002
Result choice UI handler.
Deprecated.
ResultStorageCSV replace this implementation.Handler for result UIs.
Handler for result UIs.
Interface that a ResultInfo must implements.
Renderer pour les listes des noms de resultats.
This class define a result name.
Used to store and retrieve result during simulation.
Deprecated.
ResultStorageCSV replace this implementation.Represente un resultat
Lors de la construction, si on ne passe que le RandomAccessFile et l'offset, on relie un resultat
si on passe toutes les infos, on ecrit le resultat.
Classe permettant de lire et ecrire le header d'un resultat matrice
Le header comprend tout sauf les donnees de la matrice.
Classe abstraite servant a factoriser tous les traitements commun au differente
implantation.
Ecrit les resultats dans des fichiers au format pseudo csv compresse (gz)
Seules les valeurs differentes de 0 sont ecrites dans le fichier.
Deprecated.
ResultStorageCSV now support no storage and in memory usage, will be removed in version 5.0.0.0
Interface d'une regle.
Aspect utilisé pour intersepecter les appels a
Rule.init(SimulationContext), Rule.preAction(SimulationContext, TimeStep, Metier),
Rule.postAction(SimulationContext, TimeStep, Metier) et mémoriser
le temps mit.Handler for
class.Factor domain for
Rules.XML rule domain visitor.
Rule UI handler.
Helper pour effectuer des manipulations sur les règles.
Rendu des données d'une liste graphique de regles
This class keep trace of rule evalution condition for all step and all metier.
Renderer pour les listes des noms de regles.
Specific editor for rule parameters.
Specific editor for rule parameters.
Class permettant de representer une regle de gestion.
Utility class fo R integration with isis fish.
Isis interface modification verifier.
This interface allows the user to define a graduation between 0.0 and 1.0
whose movement are proportionnal to a bounded value.
Scenario d'execution de simulation.
Domain visitor.
ScriptAction.
enum to encapsulate a script module
Model de la table de definition de parametre d'un script.
Renderer that add tooltip with parameter Documentation.
Specific editor for script parameters.
Renderer that render specific cases for params values (collections).
Gestion des fichers CVS de type scripts (appartenant au module scripts).
Represent transfered data.
Transfer handler used to transfer tasks in table.
Factor tree.
Renderer for script tree.
Tree model for scripts edition.
Model pour la liste des scripts disponibles.
Cette class réintroduit les méthodes qui ont été supprimées dans nuiton-utils
(car des equivalents commons existent).
SeasonImpl.
Selectivity equation.
Selectivity handler.
SelectivityImpl.
Interface commune à toutes implémentation de calcul de sensibilité.
Renderer pour la combo des calculateurs de sensibilités.
Renderer pour la liste des plans d'analyse.
Cette class permet de stocker les fichiers de calculateur de sensibilité.
Deprecated.
since 4.0.0.0, use
SensitivityAnalysis insteadCe contexte regroupe les élements qui servent à une hierachie d'interfaces Sensitivity.
Sensitivity Exception throw if calculator,
fail to answer (ex : R) or something else.
Interface that need to be implemented by the sensitivity result export classes
The export filename that will be used will be based on the export class name.
Renderer pour la liste des export d'AS.
Renderer pour la combo des noms d'export.
Gestion des fichers VCS de type
SensitivityExport
(appartenant au module exports).Handler for sensitivity tab ui (fishery region factors).
Save verifier pour l'interface de sensibilité.
Ensemble de
Scenario.Domain visitor.
Sensitivity interface for
TableModel.Utility methods for sensitivity analysis.
set of vessels handler.
set of vessels handler.
Implantation des operations pour l'entité SetOfVessels.
SetOfVessels tree path node loader.
Very simple parse write for efficiency.
Actions des simulations.
Keep all information on one simulation.
Permit to communicate with user interface from simulation thread.
SimulationException.java
Created: Wed Aug 14 2002
Un executor qui utilise un certain type de
SimulatorLauncher pour
executer les jobs soumis dans la queue de SimulationServiceExportInfo simulation listener.
Common action for all handler.
Cette classe permet de conserver des informations sur le deroulement d'une
simulation.
Objet representant une simulation qui doit être faite.
Classe responsable de la simulation d'un
SimulationItem.Interface permettant d'implanter des actions a faire apres la simulation.
You can create new SimulationListener and add it for simulation.
FIXME poussin, a priori cette classe ne supporte pas plusieurs simulation
en meme temps, ce qui est le cas si on a plusieurs processeurs de dispo :(
Usefull class for dealing with hot configuration of log4J.
Moniteur singleton pour pouvoir sauvegarder localement la liste des
simulations démarrées et permettre de continuer le monitoring au
relancemenent d'Isis.
Contains all parameters for one simulation.
SimulationParameter soft reference implementation.
Real
SimulationParameter implementation.Class utilitaire permettant de travailler avec les parametres sous forme de
properties
Simulation plan.
Renderer pour la combo des plans de simulation.
Simulation plan context.java
Replace old
AnalysePlanContext.Use for SimulationPlan that don't need previous simulation to do next
simulation.
Renderer pour la liste des plans de simulation.
Permet de genere les sous simulations d'un plan de simulation.
Class permettant de representer un plan de simulation.
Interface d'utilisation d'un prescript.
SimulationPreScript.
This class contains all usefull informations about a simulation.
Multi tail PriorityBlockingQueue.
Some SimulationResultListener can implement this interface to show that can
be used to retrieve result
SimulationResultListener.java
Created: 13 nov.
<!ELEMENT outData (m,d,i,s)*>
<!ELEMENT m (dim+, (d|i|s)+)>
<!ELEMENT dim (label)+)>
<!ELEMENT d (#PCDATA)>
<!ELEMENT i (#PCDATA)>
<!ELEMENT s (#PCDATA)>
<!ATTLIST m
name CDATA #REQUIRED
step CDATA #IMPLIED>
<!ATTLIST dim
name CDATA #REQUIRED
size CDATA #REQUIRED>
<!ATTLIST d
step CDATA #IMPLIED>
<!ATTLIST i
step CDATA #IMPLIED>
<!ATTLIST s
step CDATA #IMPLIED>
Cette classe est responsable de conservation de toutes les simulations faites
ou a faire.
Ecouteur sur les evenenements de changement d'états des simulations.
Model de table pour suivre l'evolution des differentes simulations en cours.
Class permettant la gestion de la persistance d'une simulation.
Filter always available in log4j configuration that filter simulation log depending of simulation
log level configuration.
Object containing cached variable value for a specific entity.
This interface is used when simulator have all code for simulation.
Ce contexte regroupe les élements qui servent à une hierachie d'interfaces Simulator.
Interface devant etre implantée par les classes souhaitants etre utilisees
comme plugin de simulation (InProcess, SubProcess, Datarmor, ...)
SimulatorServerBadIdException.java
Created: Fri Sep 6 2002
Gestion des fichers CVS de type
Simulator (appartenant au module Simulator).Handler common à tous les handler de chaque onglet de l'interface de simulation.
Set of vessel's technical efficiency equation.
Provider used to provide static data from
List of Cell instead of database.Species handler.
Implantation des operations pour l'entité Species.
Species tree path node loader.
Species structured handler.
Isis SSH agent.
SSHException.
Action for SSHLauncherConfig UI.
Use a remote simulation server.
Class used to ask used for connection info.
SSH utils class.
Progress monitor (sftp).
Component used to edit TimeStep.
Event change on storage.
Listener for change made on storage.
Storage exception.
Helper used to populate and extract instance parameters
from simulation.
Strategy tree path node loader.
Strategy handler.
Implantation des operations pour l'entité Strategy.
Strategy's inactivity equation.
Strategy handler.
StrategyMonthInfoImpl.
Strategy one month info handler.
Strategy tab handler.
Classe utilisée pour convertir en chaine un objet Date, Month ou TopiaEntity.
Lanceur de simulation dans un sous processus.
Use to store and restore position and size of application.
State for JSplit
FIXME add listener for divider move action
State for JTabbedPane
State for JTable.
get(save) and set(restore) state of object passed in argument
State for Window
Add custom behavior to RSyntaxEditor UI.
RSyntaxTextArea component property configured for isis fish.Extends rsyntaxtextarea factory to add Isis fish specific style.
A layer for factorizable entities properties in
JTable component.TargetSpeciesImpl.
Target species's target factor equation.
This object can't be modified.
Classe utilise pour convertir une chaine en un objet Date.
DateType.java
Created: 19 janv.
TimeUnit.java
Created: 20 janv.
Classe utilise pour convertir une chaine en un objet TimeUnit.
TimeUnitType.java
Created: 19 janv.
Classe utilise pour convertir une chaine en un objet TopiaEntity.
Permet de tracer les appels aux methodes utilisateur ainsi que l'execution
a ces methodes.
Trip type handler.
Implantation des operations pour l'entité TripType.
Renderer pour liste des trip types.
TripType tree path node loader.
Check that there are no regressions.
Generic equation signature used in variable values.
Renderer pour liste des trip types.
Variable type.
Version control system.
VCS Status type.
Représente une action VCS que l'on souhaite faire
A generic vcs exception.
Permet de recupere le bon VCS en fonction de la configuration.
VCSNone (svn or vcs) must extends this class.
SVN VCS.
Connection state.
Classe permettant de géré l'interaction avec le VCS.
Trip type handler.
Implantation des operations pour l'entité VesselType.
VesselType tree path node loader.
Permet a une action d'etre interdite avant qu'elle ne soit faite.
Welcome related ui handler.
WelcomeSaveVerifier.
wizard group creation handler.
Action de somme des elements par 12 (année) pour la dimension des pas de temps.
Zone handler.
ZoneDelimiterLayer.
Zone handler.
Implantation des operations pour l'entité Zone.
Zone tree path node loader.
SimulationPlaninstead